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2025년 4월 작성 · 2026년 검수

폐업 시 남은 재화도 부가가치세 과세 대상


📌 이 글은 2025년 4월에 작성되어 2026년 기준 현행 세법으로 검수했습니다. 세법은 매년 개정되므로, 중요한 결정 전에는 상담으로 최신 내용을 확인해 주시기 바랍니다.
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폐업 시 잔존재화
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이런 분들께 필요한 글입니다

  • 폐업을 준비 중인 사업자
  • 재고나 비품이 남아 있는 상태에서 정리하려는 분
  • 폐업 신고만 하면 끝나는 줄 알았던 분

폐업 시 남은 재화도 과세 대상?

사업자가 생산하거나 취득한 재화(물건) 중 폐업할 때 남아있는 재화는 자기에게 공급한 것으로 봅니다. 여기에서 "자기에게 공급한 것으로 본다" 는 의미는, 매출로 보겠다는 뜻입니다.

폐업 시 남아있는 재화로서 부가가치세 과세가 문제되는 경우는, 매입 당시 부가가치세 매입세액공제를 받은 경우 입니다. 매입 시 부가가치세 공제를 받았기 때문에, 남아있는 것을 매출로 보아 부가가치세를 과세하겠다는 것입니다.

어떤 재화가 과세 대상일까요?

실무적으로 폐업 시 잔존재화로서 과세대상이 되는 경우는 재고자산과 사업용 고정자산 입니다. 판매용 물건으로서 사업장에 남아있는 재고자산은 이를 시가로 환산하여 매출로 부가가치세 과세가 됩니다.

무엇보다도, 특히 눈에 띄는 경우는 사업용 고정자산 입니다. 사업용 고정자산(건물, 기계장치, 차량 등)은 대부분 금액이 크고 따라서 매입 당시에 부가가치세 환급도 많이 받기 때문에, 사업용 고정자산 매입은 과세관청의 사후관리 대상 입니다.

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폐업 시 사업용 고정자산의 잔존가액 계산

건물 의 잔존가액은 취득가액 × (1 - 5/100 × 경과된 과세기간의 수)

그 밖의 감가상각자산(기계장치, 차량 등) 은 취득가액 × (1 - 25/100 × 경과된 과세기간의 수)로 계산합니다.

부가가치세 과세기간은 6개월이므로, 건물은 10년, 기계장치나 차량은 2년이 지나야 잔존가액이 0이 됩니다 .

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만약 2020. 4. 1.에 건물과 차량을 매입하고 부가가치세 매입세액공제(환급)를 받았다면 건물은 2030. 7. 1., 차량은 2022. 7. 1. 이후에 폐업한 경우 잔존가액이 0이 됩니다. 만약 그 전에 폐업한다면 남아있는 과세기간에 5% 또는 25%를 곱하여 부가가치세를 납부해야 합니다.

포괄적 사업양도의 경우

'포괄적 사업양도' 란, 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것을 말합니다.

부가가치세가 과세되지 않는 포괄적 사업양도가 되기 위해서는, 미수금이나 미지급금, 사업과 무관한 토지나 건물을 제외하고 모든 권리와 의무가 전부 양도 되어야 하며, 한 가지라도 빠지면 포괄적 사업양도로 인정받을 수 없습니다.

다만 포괄적 사업양도라고 해서 무조건 과세 제외되는 것은 아니고, 사업 양수자가 양수받은 자산을 양도할 때 잔존가치가 남아있다면 부가가치세가 과세 되니, 주의해야 하겠습니다.

건물 임대업의 경우

건물 임대업자 가 임차인을 다 내보내고 공실 상태에서 매도했다면, 폐업 시 잔존재화로 보아 부가가치세가 과세될 수 있습니다. 이 경우는 건물이 공실 상태가 된 날을 폐업일로 보기 때문에, 폐업일 현재 잔존재화로서 부가가치세가 과세되는 것이며, 이후에 건물을 매도한 것은 사업자가 아닌 상태로 매도한 것이므로 일반 양도소득세로서 신고, 납부를 해야 합니다.

임차인의 승계 없이 공실 상태로 건물을 넘기는 것은 부가가치세가 과세되지 않는 사업의 포괄적 양도에도 해당하지 않습니다.

만약 건물 임대업자가 임차인이 있는 상태에서 건물을 매도했다면 건물의 소유권 이전일이 폐업일이 될 것이고, 매매계약서에는 건물 부분의 부가가치세를 반영하여 매매대금을 더 받아야 합니다(사업의 포괄적 양도라면 상관 없습니다).

폐업 시 잔존재화로 보는지, 재화의 공급으로 보는지에 따라 세금이 다릅니다.

사례로 살펴보겠습니다.

임차인이 계속 사업하고 있어 건물주의 폐업으로 인정하지 않은 사례

임차인들이 사업 중인 건물에 대해 건물주가 6월 30일 매도계약을 체결하고 10월 30일 잔금을 받으면서 소유권을 이전한 사례입니다. 건물주는 다음 해 1월 21일 세무서에 폐업신고를 하면서, 폐업일을 전년 5월 1일로 기재 했습니다(즉, 건물주는 매도계약을 체결하기 전에 폐업했다는 뜻 으로 폐업일을 5월 1일로 기재한 것입니다). 건물주는 아마도 건물을 매입한 지 10년이 지나 잔존가액이 0이라고 보고 폐업 시 잔존재화로서 납부할 부가가치세가 없다고 판단했을 것입니다.

그러나 조세심판원에서는 임차인들이 폐업하지 않은 상태에서 폐업일을 임의로 기재한 것은 인정할 수 없다며, 실제 폐업일(10월 30일)까지 임대를 하고 있었다면 10월 30일에 재화를 공급한 것으로 보아 부가가치세를 신고납부 해야 한다고 결정하였습니다[조심2000중719(2000. 7. 18.)].

경매된 경우에도 재화의 공급으로 부가가치세 과세 대상이라고 본 사례

대법원은 건물 임대업자가 사업자등록을 마치고 임대업을 하고 있다가 부채가 누적되어 건물에 대한 경매절차가 진행된 결과 경락된 경우에도 경락 전에 사업을 폐지한 바가 없다면 경락은 임대사업의 폐지 후에 부동산을 양도한 것으로 볼 수 없으므로 부동산 경락은 재화의 공급으로서 부가가치세 과세 대상 이라고 파단한 사례가 있습니다[대법원 1996. 8. 23. 선고 94누15424 판결].

임차인의 승계 없이 공실 상태의 건물을 양도하는 것은 사업의 포괄양도에 해당하지 않는다고 본 사례

집합건물 내 5개의 점포를 보유한 건물주가 그 중 1개 점포의 임대계약 기간이 만료되자 명도소송을 통하여 임차인을 내보내고 명도 즉시 점포를 사업의 포괄적 양도로 매도 하는 사례에서,

국세청은 임차인을 내보내고 임차인 승계 없이 공실 상태의 부동산을 양도하는 것은 임대업 사업의 포괄적 양도에 해당하지 않는다 고 해석하였습니다(즉, 건물 매매가액에 대하여 부가가치세를 신고납부 해야 한다는 것입니다). [법규부가2011-450(2011. 11.15.)]

폐업 시 사업용 고정자산과 관련하여 예측하지 못한 여러 세금 문제가 발생할 수 있습니다. 반드시 세무 전문가와 상담 후 처리하실 것을 권해드립니다. ^^

세무사 백운영 사무소 전북특별자치도 군산시 수송로 336 3층 304호


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자주 묻는 질문

폐업할 때 남은 재고에도 세금이 붙나요?
폐업 시 남아 있는 재화는 자기에게 공급한 것으로 보아 부가가치세가 과세됩니다. 매입세액을 공제받았던 재화가 대상입니다.
어떻게 계산하나요?
재화의 시가를 기준으로 계산하며, 감가상각 대상 자산은 경과 기간에 따라 정해진 방식으로 산정합니다. 취득 시점과 경과 연수 확인이 필요합니다.
세무사 코멘트

폐업은 신고만 하면 끝나는 절차가 아닙니다. 남은 재고와 비품 때문에 예상 못 한 부가세가 나오는 경우가 많습니다. 폐업을 결정하셨다면 재고를 어떻게 처리할지부터 상의하시는 편이 부담이 적습니다.

글 · 감수 백운영 세무사 · 국세청 32년 · 서울지방국세청 조사4국 · 최종 업데이트 2026년

참고 및 출처

이 글은 일반적인 세무 정보 제공을 목적으로 작성되었으며 개별 세무·법률 상담을 대체하지 않습니다. 적용 여부는 구체적인 사실관계에 따라 달라질 수 있으므로, 실제 적용 전에는 반드시 상담으로 확인해 주시기 바랍니다.
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